ศูนย์ประสานข่าวกรองแห่งชาติ ตั้งขึ้นบนพื้นฐานหลักการบริหารงานมุ่งผลสัมฤทธิ์ของงานการข่าว ซึ่งเน้นการปฏิบัติงาน เพื่อสนองตอบการให้บริการและความสงบสุขของประชาชนเป็นสำคัญ โดยคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรี ที่ 140/2544 ลงวันที่ 28 พฤษภาคม 2544 ให้หน่วยงานด้านการข่าว และส่วนราชการที่เกี่ยวข้อง รวม 21 หน่วยงาน ปฏิบัติงานด้านข่าวของประเทศให้เป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ มีการประสานงานกันอย่างใกล้ชิด มีรายงานข่าวที่ถูกต้อง รัดกุม รวดเร็ว และทันต่อเหตุการณ์ จนกระทั่งมีคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรี ที่ 136/2547 ให้ ปรับปรุงโครงสร้างและองค์ประกอบศูนย์ประสานข่าวกรองแห่งชาติ เมื่อ 31 พ.ค. 2547 โดยให้ทุกหน่วยข่าว และส่วนราชการ 20 กระทรวงและรัฐวิสาหกิจ รวม 47 หน่วยงาน เข้าร่วมเป็นประชาคมข่าวกรอง และสนับสนุนปฏิบัติงานของศูนย์ประสานข่าวกรองแห่งชาติทุกรูปแบบ ในขอบเขตที่สามารถกระทำได้ โดยให้ถือเป็นลำดับความสำคัญเร่งด่วนสูงสุด เพื่อให้สามารถรับการปฏิบัติงานด้านการข่าวทั้งระบบให้สมบูรณ์ยิ่งขึ้น

เพื่อให้การปฏิบัติการข่าวกรองของประเทศมีเจ้าภาพหลักรับผิดชอบการบูรณาการ และขับเคลื่อนการปฏิบัติโดยรวมทั้งในส่วนกลางและภูมิภาค สามารถตอบสนองนโยบายและความต้องการข่าวกรองของรัฐบาลได้อย่างรวดเร็วและมีประสิทธิภาพ จึงได้มีการจัดตั้งศูนย์ประสานข่าวกรองแห่งชาติประจำภูมิภาค จำนวน 2 แห่ง ประกอบด้วย 1) ศูนย์ประสานข่าวกรองแห่งชาติส่วนหน้าจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ศป.ข.สน.จชต.) และ 2) ศูนย์ประสานข่าวกรองแห่งชาติส่วนหน้าจังหวัดชายแดนภาคเหนือ (ศป.ข.สน.จชน.) ตามคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรี ที่ 136/2547 ลงวันที่ 31 พฤษภาคม 2547 และจัดตั้งเพิ่มเติมอีก 3 แห่ง จนครบ 5 ภูมิภาค ตามคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรี ที่ 89/2549 ลงวันที่ 10 พฤษภาคม 2549 ได้แก่ ศูนย์ประสานข่าวกรองแห่งชาติส่วนหน้าจังหวัดชายแดนภาคตะวันออกเฉียงเหนือ (ศป.ข.สน.จชตน.) , ศูนย์ประสานข่าวกรองแห่งชาติส่วนหน้าจังหวัดชายแดนภาคตะวันตก (ศป.ข.สน.จชตต.) และศูนย์ประสานข่าวกรองแห่งชาติส่วนหน้าจังหวัดชายแดนภาคตะวันออก (ศป.ข.สน.จชตอ.)

ต่อมาได้มีคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรี ที่ 43/2551 ลงวันที่ 13 มีนาคม 2551 เรื่อง จัดตั้งศูนย์ประสานข่าวกรองแห่งชาติ ในส่วนกลางและ 5 ภาค ได้มีการตัดคำว่า ส่วนหน้า ออก และเปลี่ยนชื่อเป็น ศูนย์ประสานข่าวกรองแห่งชาติ ภาค 1 - 5 โดยมีพื้นที่รับผิดชอบดังนี้

ศูนย์ประสานข่าวกรองแห่งชาติ ภาค 1 รับผิดชอบพื้นที่ภาคกลางและภาคตะวันออก

ศูนย์ประสานข่าวกรองแห่งชาติ ภาค 2 รับผิดชอบพื้นที่ภาคเหนือ

ศูนย์ประสานข่าวกรองแห่งชาติ ภาค 3 รับผิดชอบพื้นที่ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ

ศูนย์ประสานข่าวกรองแห่งชาติ ภาค 4 รับผิดชอบพื้นที่ภาคตะวันตกและภาคใต้ตอนบน

ศูนย์ประสานข่าวกรองแห่งชาติ ภาค 5 รับผิดชอบพื้นที่ภาคใต้ตอนล่าง

ปัจจุบันประชาคมข่าวกรอง ประกอบด้วยส่วนราชการ 21 กระทรวงและรัฐวิสาหกิจ รวมทั้งสิ้น 49 หน่วยงาน ตามคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรี ที่ 167/2557 ลงวันที่ 23 ต.ค.2557